“旗舰”的名称来自于一些外国海军指挥舰通常悬挂有该级指挥员的代旗(也称首长旗、司令旗)。如美国海军上将旗为蓝底4颗白色五角星;中将旗为3颗白色五角星;少将旗为2颗白色五角星;准将旗为1颗白色五角星。在海上见到挂有代旗的军舰,就可知道该舰是哪一级军衔军官担任指挥员的旗舰。所以舰队或编队指挥官乘座的指挥舰称为旗舰。 但是有些国家海军不设代旗制度,故称为指挥舰。
分类
旗舰是一个统称,任何实际起到指挥作用的舰艇都可以称做旗舰。但一般而言,一个舰队中只有一条主要旗舰(即舰队指挥官长期乘坐的舰艇),同时也会指定某些舰艇为预备旗舰,以应对一些特殊情况。同时对于大舰队而言,可能下辖几个分舰队,因而除了总旗舰外,每个分舰队也都有对应的旗舰进行指挥。